個人所得稅以支付所得的單位或個人為扣繳義務人。個人取得工資薪金，勞務報酬，稿酬，特許權使用費，經營所得，財產轉讓所得，財產租賃所得，偶然所得，利息股息紅利所得，都要繳納個人所得稅。
企業給員工發放工資，企業就是支付所得的單位，作為法定扣繳義務人，這是最常見最典型的需要扣繳個人所得稅的情形。
2019年新個人所得稅法實施后，工資薪金所得個人所得稅的計算方法發生了變化，現在是按年計算，按月預扣預繳稅款，年終匯算清繳，因此企業在發放工資時也只是預扣稅款，待到次年3月到6月由納稅人自行匯算，多退少補。
企業在發放工資時預扣稅款基本都是采用網絡申報，稅局會有一個申報軟件，下載安裝到電腦上，就可以操作了，如果實在不會計算稅款，也可以將基礎數據填入系統，系統會自動計算稅款的。
企業如果在發放工資時不扣繳個人所得稅，是會承擔法律責任的，有涉稅風險。根據稅收征收管理法，企業應扣未扣稅款的，稅務機關可以進行處罰。
