經營地位不明確勞務派遣機構從事的是一種特殊的勞務經濟，其經營的業務還沒有法律的明確規定，這給勞務派遣企業開展業務造成很大影響：企業無法按業務內容進行登記注冊;如何核算勞務派遣企業的收入，依據什么稅法，目前沒有規定。
目前，我國勞務派遣業正處于起步、發展階段，作為一個新生事務，還沒有充分進入政府政策的視野。在缺乏規范的情況下，勞務派遣在運作中暴露出以下幾個方面的問題：
勞務派遣三方的權益缺乏保障目前，凡是從事勞務派遣的，一般都能作到以下幾點：勞務派遣機構與用人單位都簽訂有勞務派遣協議書，勞務派遣機構與部分勞動者簽訂有勞動合同，實行行業自律規范。但是，由于我國勞動保障的總體法制還不健全，使得勞務派遣在實際運作中無法可依、無章可循，導致出現以下問題：一是各派遣機構在具體協議內容和標準上做法不一，二是一些責任問題沒有解決辦法，三是發生爭議也無法解決。結果，勞務派遣機構、用人單位和勞動者的權益都無法完全得到保障。具體問題有：
⑴勞動合同問題
⑵參加社會保險問題
⑶跨地區就業的政策銜接問題
⑷勞動者的其他權益問題
⑸容易發生爭議的問題
經營資質沒有審批由于經營地位不明確，目前還沒有專門的部門對其經營資質和經營業務進行審批，可能造成盲目發展的局面。
混業經營問題從調查的情況看，很少有純粹的勞務派遣組織，大多是以勞務承包或勞務中介為主，兼營勞務派遣。
企業使用勞務派遣型工作的規模和崗位缺乏規范目前，勞務派遣被許多企業廣泛用于各種可能的崗位。有一些比較正規的企業根據自身的需要合理地安排本企業勞務派遣型工作的規模，并對勞務派遣進行嚴格管理。它們制定專門的勞務用工管理規定，對勞務派遣三方的職責、派遣員工的培訓、考核、勞務費的發放原則和標準、以及派遣員工參加工會和黨團活動等作出明確規定。合理的用工規模和嚴格的管理，使得勞務派遣成為企業的一種有機的用工形式。企業通過建立末位淘汰制、將空出的固定崗位讓給派遣員工、把不合適的人員轉為勞務工的方式，使企業用工機制更靈活，使勞務派遣成為幫助企業進行經濟結構調整和用工制度改革的有效途徑，從根本上節約了經營成本，提高了經濟效率。
而另外有一些企業為了降低用工成本，借勞務派遣的名義，大規模裁員。勞務派遣還使一些企業減少或不用固定職工。如上海市嘉定區某高新企業就已經不設人事部門，也不再為職工開設養老金帳戶，企業只將一定數額的費用支付給人才服務中心，職工檔案保管、社會保險等有關人事工作就都交給了人才服務中心。
